Los habitantes de Mesa Grande se cansaron de vivir como refugiados y ya esperaban volver a su tierra. Comenzaron hacer planes para su repoblación. Esperaban que la paz pronto volviera a El Salvador.  El gobierno salvadoreño se opuso fuertemente a la idea de retorno de los refugiados; esto con el argumento de que las repatriaciones eran apoyadas por el FMLN y que estas no serían de interés nacional ya que la guerra seguía. ACNUR tampoco no apoyó la iniciativa. Entonces los refugiados mismos orquestaron la repoblación; formando un comité que decidió los términos y estrategias de la repoblación. 

Empezaron a preparar el retorno de miles de refugiados en una serie de viajes. Al final, funcionarios salvadoreños comenzaron a negociar con la comisión de refugiados de Mesa Grande, quienes insistieron en que serían repatriaciones masivamente en vez de ser grupos pequeñas y graduales, a pesar de la resistencia de funcionarios del ejército.

La serie de repoblaciones masivas de miles de refugiados al norte de El Salvador fue un esfuerzo bien organizado y bastante riesgoso. En octubre del 1987, más que 4 mil refugiados regresaron a El Salvador para repoblar cinco comunidades que habían escogido colectivamente y estratégicamente en los departamentos de Chalatenango, Cabañas, y Cuscatlán; esto se caracterizó como la repoblación más grande en la historia de América Latina. Esta repoblación inicial, que incluyó Guarjlia y su vecino, Los Ranchos, fue la primera de siete repoblaciones en total durante los siguientes dos años.
 
Los que venían de Mesa Grande estaban dispuestos a hacer el viaje a pie, pero en el último momento ACNUR los apoyo con buses para transportar la gente. En la frontera de El Salvador con Honduras, una linea de buses alrededor de kilómetros, mientras funcionarios del ejército salvadoreño interrogaron y registraron a todas las personas que querían cruzar al territorio salvadoreño. La presencia de observadores internacionales facilitó el paso. Los Guarjileños recuerdan que fue un día caliente y largo. Algunos buscaban sombra y dormían debajo de los buses. Pero también se sentían una gran alegría de volver a su país. El camino para el cantón abandonado de Guarjila fue impasable en bus. La última parte del viaje se hicieron a pie, y tenían que podar el monte del camino.